这里说的神秘现象是指未认识的奇怪现象，神秘主义是指对神秘现象或对所有事物的超自然解释。有关神秘现象和神秘主义的文字充斥于历史古籍和现代书市，影响深广。科学承认有大量的未知现象存在，但认为它们同属可认识的物能世界，而不认为在物能世界之外、之上，还存在一个超自然的神秘世界。　　

神秘现象
神秘现象的记载与文字的历史一样悠久，在整个农牧文明及其以前时期，相信人有不依赖于肉身而独立存在的灵魂，是一个相当普遍的现象，它是所有宗教植根的土壤，所有迷信衍生的温床。神秘文化不仅影响着社会意识和秩序，而且起过改变历史进程的作用。
这方面的事例很多，一个典型例子发生在1856年，科萨（南非）的一个名叫农夸伍斯的女孩，说有两个幽灵要她给科萨人带口信：科萨人亵渎了神灵，要避免灾难，就要自己动手毁掉牲畜和庄稼，然后死人、死畜复生，病人、瘸子康复，科萨人将因此而丰衣足食，幸福安康。科萨人相信了她，皈依到她门下，杀死牲畜约40万头和毁掉了所有的庄稼，导致科萨人因饥荒而大逃亡，10万人死了4万，科萨大部分领土也变成了英国殖民地南非的版图。
除几乎所有的宗教都有关于上帝、天神、魔鬼等显灵的记载外，还有不少宗教认为灵魂是独立的存在，并会轮回转世。民间关于鬼魂显灵、转世的故事很多。第一次世界大战及战后，招魂之风达到高潮，千百万在战争中失去亲人的家庭纷纷通过巫师取得已逝亲人的“信息”。很多专家学者也随风起舞，连著名物理学家和前英国学术学会主帝奥利弗洛奇，对巫师提供的他的死于1915年的儿子的信息都很满意。有些人更断言灵魂的存在已为现代科学所证实，等等。这些究竟是怎么回事呢？

真相揭示
1882年，西方有一批学者建立神灵研究会（SPR），开始研究各种奇怪现象。一百多年来，学者和科学家们以大量的证据证明了各种神秘现象的绝大多数，都是造假、骗局或幻觉、误解，对其中极少数尚未弄清的神秘现象，则尝试用理性和科学的方法去揭示。
历史上关于某些人被砍头后，脸上有蔑视、愤怒等表情的记述。为弄清楚头脑与躯干的关系，早在19世纪中期，有4个人（一个名叫安东尼 杰瑟普 维尔茨的画家，他也是训练有素的催眠术接受人，另一个是催眠术医生，还有两个是目击者）对布鲁塞尔监狱的一名死刑犯行刑现场进行了一项独一无二的试验，维尔茨要通过医生对自己实施催眠术，使自己的意念进入犯人的大脑，说出他的头被砍掉后的意识。屠刀落下，维尔茨有“闪电！一个霹雳落下”“已脱离躯体”“我已死了吗”等一番痛苦的回答，加上目击者对头颅表情变化的观察记录，似乎表明头颅被砍下后的短暂时间内有痛苦意识。
这个试验与在招魂术仪式中巫师们借助于催眠术而与鬼魂沟通有所不同，因为它进入的是物质的头脑而不是神秘的鬼魂，因而可以认为是人们试图通过理性的方法去探讨头脑与意识关系的一次尝试。但是，不仅被催眠人的意识能否真的进入别人的头脑大有争议，而且催眠术本身就很有争议。催眠曾被认为是一种能让人吐露真言的有效途径，好像被催眠者既无法回避问题，也无法撒谎，还能使人回忆起过去事情的更多细节。但有充分的证据表明，它加强了暗示的作用，被催眠者很可能抓住提问者不经意地透露出的线索，通过幻想编出合适的回答，很可能把真实的记忆变成错误的幻想。
2011年，荷兰科学家把一个脑电图描记器与即将被砍头的老鼠脑部相连，结果显示，与躯干分离的脑部仍有脑电活动，保持意识近4秒，对其他小型哺乳动物的研究显示，保持意识的时间甚至更长。这个实验表明，头离开躯干能够保持极短时间的意识，至于这种意识是否反映了其身体死亡的过程，还有待进一步的实验去证明，但它不能证明有独立于身体之外“灵魂”存在。
科学家还通过“人脑—电脑介面”的实验，使大脑电子讯号通过电脑转译成指令，来移动机械手臂、电脑滑鼠，实现老鼠之间、人之间意念与动作的远距离传递。如美国杜克大学的研究人员2013年2月在巴西使用电子感测器获取实验室老鼠意念，通过网路传递到另一只在美国的老鼠脑部，使它模仿前一只老鼠的行为。2013年8月，美国华盛顿大学教授拉杰什 拉奥在实验室内，戴着读取大脑电子活动的脑电波仪帽子，想象自己在玩简单的电脑游戏，期间他一度想象自己移动了右手发射炮弹，但实际上没动手。脑电波仪获取这一信息，通过Skype传递给华盛顿大学另一头的安德烈亚 斯托科，斯托科左脑中控制右手活动的运动皮质区连结着穿颅磁刺激器，他接收到拉奥移动右手的讯号，非自主移动右手食指，按下键盘的空白键，电脑游戏中的炮弹随之发射。这类实验表明，思维的过程有脑电波相应活动的物能基础，思维的内容能通过脑电波来解读，并能通过电子信息来传递，但不能证明有离开物能基础的思维及其超自然的传递。

心理学、脑科学解释
有很多神秘现象实际上只是心理学和脑科学现象，是心理学的“心理期盼”“幻觉倾向”和脑部病症等现象。心理期盼指的是人们会看到和感觉到他们希望看到和感觉到的东西。俗话说“疑心生暗鬼”，迷信神鬼的人，夜晚独处于荒庙、坟场、空屋，会恐惧莫名，风声变成鬼哭，树摇变成魅影。幻觉倾向指的是成人中有少数人经常产生生动的幻觉。幻觉倾向源于无法摆脱童年时代对想象和幻想的沉迷，在幼儿时期热衷于复杂、离奇的幻觉生活的人更容易有这种倾向。这可能与幼儿期受精神创伤有关，被虐待的儿童会幻想自己能有控制一切的力量。心理学家通过实验，发现有幻觉倾向的人大部分时间都沉浸在幻想中，他们可以“看到”“听到”“闻到”并“触摸”想象中的事物，能在毫无物理刺激的情况下兴奋起来，很容易产生梦境和幻觉，包括幽灵和怪物的幻象，其中有一半人认为自己在接受更高智慧生物的信息，其他人则认为自己能通灵，几乎所有人都很容易被催眠。心理学家还以“真实幻觉”“虚假幻觉”“意识交叉状态”“睡眠饥渴状态”“视觉幻觉”“听觉幻觉”“触觉幻觉”“专注”等概念和理论进一步区分和解释“幻觉倾向”所产生的各种奇怪现象。
神秘现象的内容与人类的记忆和心理起源有关。研究表明，记忆的思维过程非常复杂，它不是对经历的真实的、完整的信息复制储存，而是一个想象的大致框架，是一个可塑造的过程，可以夸大、缩小、抹杀、修改，甚至可以把整个假的记忆完全灌输到大脑中，而且一经灌输，就真假记忆无法区分，假记忆也无法检验。大量神秘经历的来源之一，是一个人对曾听过、看过、想象过的事物等等与记忆有关的幻觉，如心理学的“潜隐记忆”“潜移默化症”“空想性错觉”等等。有些人看到某种现象而引起危险警示的幻觉，而这种危险有可能真的会发生，它是一种对信息的潜意识的获取，属潜移默化症。有些人把天上的云彩形状看成某种怪物，海市蜃楼看成是城堡等等，就属于空想性错觉。有些人声称自己是历史上某某人的灵魂转世，并能叙说自己前生的一些经历，或者能说一些自己前生的语言，这与“多重人格混乱”有关，多重人格混乱在一个人头脑中能导致多达40种不同人格存在，它是儿童时期精神创伤的结果。在催眠状态下回忆不同的生活，就像神经不正常的人表现出多重人格一样。幻觉都与个人经历和文化背景有关，从未接触过外界文化的人，幻觉中出现的神灵都是自己文化中人物，接触过外界文化的人，幻觉中的内容则可能会相应扩大。
心理学和脑科学的研究发现，人在紧张时，大脑中的情感系统和嗅觉处理系统会相互连接，正常的气味也变得难闻，随着影响的积累，有可能进入恶性循环，易患上焦虑症甚至严重的情绪困扰。“大脑灰白质”褶皱表层的神经突的损伤，会明显改变大脑对周围世界的感知，最普遍的是出现“梦幻状态”，看到或听到古怪或恐怖的事情。
对一些有过与外星人遭遇或是宗教性奇异事件的研究表明，这些神秘现象，实际上是由神经突癫痫所导致的，局部的神经突病发、微小的神经突改变，也会引起短暂的癫痫病症。缺氧也会神经紊乱并直接导致奇怪的幻觉，很多濒死体验都是缺氧的直接后果，许多在高空、深水中看到的奇怪现象，有些很可能是缺氧。
说大量的神秘现象属于心理学、脑科学现象，可能会严重冒犯人们的虚荣心。人最难的可能还是认识自己，但科学的灵魂是实事求是，很多精神病人认为自己正常，而别人全疯了，我们自感良好却为何常常害怕真实，而偏信“美丽的”谎言？自我质疑是科学精神的要素，我们很可能也患有某种心理疾病。当然，不能把所有神秘现象都归于心理学、脑科学现象，自然界确有很多未解之谜，科学对心理、大脑的认识也还是初步的，而心理、大脑、自然和社会环境的相互影响更为复杂，科学的探索还有更长的路要走。科学不能穷尽真理，未知现象总是大量存在，但认识未知靠的是科学而不是神秘主义，科学是开启真理之门的钥匙，而神秘主义却只能使人被动地在迷宫中徘徊。